En el año 2011, la Ley 1450 del Plan Nacional de Desarrollo traslada el PAE del Instituto Colombiano de Bienestar Familiar (ICBF) al Ministerio de Educación Nacional (MEN). Muchos se preguntaron por qué se trasladaba este programa hacia el MEN, siendo un programa de asistencia alimentaria que busca proteger a la población infantil más vulnerable, promover el acceso y la permanencia de los niños, niñas y adolescentes en la escuela y brindar un complemento alimentario a los estudiantes oficiales, además de estar financiado con recursos del Sistema General de Participaciones.
En 1941, bajo la responsabilidad del Ministerio de Educación Nacional, se inicia en Colombia la atención nutricional a los escolares en el sector público, con el Decreto No. 319 del 15 de febrero de 1941 el cual fija las pautas para la asignación de recursos destinados a la dotación y funcionamiento de los restaurantes escolares. Posteriormente, en 1968 se creó el Instituto Colombiano de Bienestar Familiar (ICBF), el cual asumió las funciones del Instituto Nacional de Nutrición, entre las cuales se encontraba la ejecución del Proyecto de Protección Nutricional y Educación Alimentaria en Escuelas Oficiales de Educación Primaria.
A partir del año 2006, los objetivos del Programa se vincularon con el sistema educativo, teniéndolo como una herramienta para contribuir a incrementar la matrícula, reducir el ausentismo y mejorar la función cognitiva de los escolares. En el 2011, en vigencia de la Ley 1450 (Plan Nacional de Desarrollo Nacional 2010 - 2014) se estableció que el PAE se trasladara del ICBF al Ministerio de Educación con el objetivo de alcanzar las coberturas universales y que desde el MEN se desarrolle la orientación, ejecución y articulación con las entidades territoriales.
El proceso de transferencia del PAE es liderado por el MEN, con la participación constante del ICBF y el Departamento Nacional de Planeación (DNP). Dentro del nuevo esquema el PAE se promueve la corresponsabilidad con los recursos de la Nación, se impulsa la participación ciudadana y el trabajo conjunto de los diferentes actores. Con el fin de llevar a cabo la orientación y articulación, el MEN definió el Lineamiento Técnico Administrativo para la prestación del servicio y la ejecución del Programa. En el departamento de Cundinamarca se ejecuta desde el 21 de octubre hasta el último día del calendario escolar y beneficia a niños y adolescentes de 108 municipios no certificados, buscando contribuir a que los niños y niñas permanezcan en la escuela. El PAE entrega productos alimenticios como desayunos, almuerzos, onces, colaciones y cenas.